El Puerto cuenta con dos estaciones marítimas independientes, tres rampas ro-ro para vehículos ligeros y pesados y dispone de más 65.000 metros cuadrados de superficie capaz de albergar cerca de 3.000 vehículos dentro del recinto portuario, entre otras.
Está previsto que el Ministro de Transportes, José Luis Ábalos, firme una orden que amplíe el número de puertos designados para recibir tráfico internacional de pasajeros y que, en un primer momento, dejaba fuera a Santander. Una ampliación que se produce tras las gestiones realizadas por el presidente de Cantabria, Miguel Ángel Revilla, ante el gobierno de España.