Los costes subvencionables son: el flete, los costes de manipulación de a mercancía, las tasas portuarias o aeroportuarias, las tasas de seguridad y el recargo por el incremento del coste de combustible. La CNMC recomienda realizar un análisis exhaustivo de los costes que afrontan las compañías por el transporte en una región ultra periférica (Canarias) para que estas subvenciones estén bien calculadas.